Mẹ vắng nhà kể về cuộc sống của chị Út Tịch[3] và 5 đứa con thơ trong bối cảnh chiến tranh Việt Nam đang giữa những ngày tháng khốc liệt nhất. Là một chiến sĩ cách mạng của Mặt trận dân tộc giải phóng miền Nam, tiếng bom đạn thúc giục chị lên đường làm nhiệm vụ tải lương, tải đạn cho bộ đội.[1] 5 đứa con nhỏ đành phải tự chăm sóc nhau, trong đó Bé - cô chị lớn nhất trong số 5 đứa con mới 10 tuổi, còn đứa bé nhất đang nằm nôi[1][5]. Bé biết mẹ mình là du kích và luôn lo rằng mẹ sẽ không trở về nhà nữa. Tuy nhiên, cô bé cố gắng gạt hết những cảm xúc này để tập trung chăm sóc cho các em của mình.[1][5]

Bộ phim là cảnh 5 đứa trẻ vùng sông nước miền Tây chèo thuyền, leo cầu khỉ, cùng nhau chui vào hầm tránh bom, nấu nướng, chăm sóc nhau. Dù phải trưởng thành sớm trong hoàn cảnh mẹ vắng nhà, những đứa trẻ vẫn giữa được những nét trẻ thơ. Bộ phim khắc họa được tâm lý trẻ em trong những chi tiết như cảnh Bé bị đứa em gái quả quyết là không giống mẹ. Bộ phim pha trộn giữa xúc động và tình thương yêu, có nỗi buồn chiến tranh nhưng đồng thời để lại tiếng cười trong trẻo cho khán giả.[1][5]